La Cofradía se fundó en 1957 por un grupo de jóvenes encabezados por su profesor Francisco Castañeda. Fue la tercera y última hermandad de penitencia fundada en la parroquia de la Divina Pastora. Entre las ideas embrionarias se consideró la de fundar una cofradía de la Sagrada Lanzada. Los fundadores repararon finalmente en la imagen de Jesús Nazareno de las Lágrimas que había protagonizado en 1943 la primera salida procesional de la Hermandad de los Estudiantes establecida en el Santo Cristo, imagen que inspiraba mucha devoción entre los fieles del barrio.
Jesús de las Lágrimas se veneraba desde tiempo inmemorial en la tercera capilla de la nave de la epístola de la iglesia pastoreña. Su origen se desconoce. Tardíamente aparecieron leyendas acerca de que esta sagrada imagen se había venerado en la primitiva iglesia parroquial del castillo y de que había sido conocido como el Cristo del Buen Viaje o de los Navegantes. Esto debe reputarse como una confusión, un traspaso de advocación con la pequeña pero muy meritoria imagen del Cristo de la Buena Muerte (o de los Molinello) que se veneraba en la capilla contigua y cuyo titulo oficial sí era el del Buen Viaje.
En cualquier caso, los fundadores se decidieron finalmente por dar culto a este Nazareno en el pasaje evangélico del Encuentro de Jesús en su camino al Calvario con las santas mujeres, más el apócrifo de la santa mujer Verónica. De hecho la primera y fugaz advocación elegida para la Virgen cotitular fue Nuestra Señora del Encuentro.
El título definitivo adoptado fue el de Nuestro Padre Jesús de la Misericordia, María Santísima de la Piedad y santa mujer Verónica. Recién fundada pasó por graves dificultades cuyas consecuencias pesaron sobre la hermandad en sus primeros años. Hasta 1969, trece años después de su fundación, no fue aprobada y erigida canónicamente por el obispo Añoveros. En los años de 1960 intentó también constituirse como gremial de la sanidad local.
A partir de su erección canónica, la Hermandad de la Misericordia experimentó un despegue vigoroso. En pocos años se transformó en una de las hermandades más ejemplares, destacadas y aventajadas de San Fernando, haciendo de su procesión una de las más elegantes, vistosas y de mayor riqueza estética. Su entusiasta actividad le valió en 1975 la concesión de los títulos de Fervorosa y Devota, además del de Sacramental, siendo la primera cofradía de penitencia isleña en ostentar este título eucarístico. Todo este proceso alcanzó un hito con las celebraciones de su XXV aniversario en 1982 que culminaron con la procesión conmemorativa de su titular sobre el paso en diciembre de ese año, estampa irrepetida e insólita en San Fernando.
Efectuó la primera salida procesional el Miércoles Santo de 1958, sólo con el Señor, pasando el año siguiente a procesionar el Lunes Santo y continuando en este día durante 18 años. En 1978 trasladó su procesión al Jueves Santo por armonizar más con su carácter de sacramental. En 1960 se incluyó en el paso una talla de la Verónica obra del escultor gaditano Láinez Capote. En 1962 se añadieron las de las Santas Mujeres, que antes habían sido las tres Marías que figuraban antiguamente en el calvario de la hermandad de la Expiración.
Con todo, la iconografía del paso de misterio quedó fijada definitivamente en 1966: Jesús de la Misericordia cargado con la cruz, ayudado por Simón de Cirene, mientras la santa mujer Verónica enjuaga con un paño el rostro del Redentor. El hermoso paso de misterio dorado y neobarroco fue tallado por Guzmán Bejarano y estrenado en 1967. La Virgen de la Piedad salió por primera vez en 1982, ya en su paso de palio, que ha sido enriquecido magníficamente por la hermandad en años sucesivos hasta convertirlo en uno de los mejores y de mayor prestancia de la Semana Santa isleña.
La Hermandad celebra los cultos internos siguientes: primeros viernes de mes, besapié al Señor el primer viernes de marzo, vía crucis cuaresmal con la imagen del Señor por las calles de la feligresía muy concurrido y devoto, función solemne a la Virgen el 8 de diciembre. Sobre todo, desde 1976, organiza una procesión eucarística en la octava del Corpus Christi por las calles del barrio de la Pastora, primero bajo palio y desde 1980 en paso de custodia (Corpus chiquito).
En cuanto a las sagradas imágenes, el Divino Nazareno de la Misericordia era primitivamente una talla de candelero anónima, de finales XVIII, que guardaba cierto parecido con las otras antiguas imágenes del templo pastoreño. Sufrió una serie de restauraciones y retoques que desvirtuaron su aspecto y postura originales. La intervención más importante en este sentido fue la realizada en 1967 en los talleres sevillanos de Castillo Lastrucci, a raíz de un incendio fortuito en su altar de cultos. Treinta años después, en 1996, fue radicalmente restaurada por Alfonso Berraquero quien le talló un cuerpo completamente nuevo, más dinámico y adecuado, le devolvió su aspecto y postura originales e incluso rescató su hermoso rostro primitivo.
La Virgen de la Piedad es una preciosa imagen de Alvarez Duarte (1975), la primera de las tres que este artista talló para San Fernando y uno de sus mejores trabajos. Simón Cireneo y la Verónica son imágenes de Castillo Lastrucci (1966), la segunda muy transformada por Berraquero (1977).
La Armada española tiene el título de Hermano Honorario de esta confraternidad, en razón de la pretendida advocación de los Navegantes que se piensa ostentó antiguamente el Nazareno de la Pastora.