El 14 de abril de 1931 quedó constituido el Gobierno Provisional de la República bajo la presidencia de Alcalá Zamora, marchando el rey al exilio. En San Fernando, aunque las elecciones habían dado el triunfo a la permanencia de la monarquía, se asumió la nueva situación política con normalidad, izándose la bandera tricolor, convocándose una manifestación en apoyo del nuevo régimen, y sin más incidentes que la defenestración por el balcón del Ayuntamiento del cuadro del rey que presidía la sala capitular.
La Constitución de diciembre 1931 consagró un modelo de Estado laico: España no tendría religión oficial, las confesiones religiosas serían consideradas como meras asociaciones, el Estado no auxiliaría económicamente a las iglesias e instituciones religiosas, se suprimía el presupuesto del clero, se disolvían ciertas órdenes religiosas prohibiéndose a todas ellas que ejercieran la enseñanza… Pero igualmente quedaba garantizado el derecho a profesar y practicar privadamente cualquier religión, aunque debería solicitarse autorización especial para las manifestaciones públicas de culto, lo que afectaba directamente a las cofradías.
El gobierno republicano emprendió una política de separación radical entre la Iglesia y el Estado, alumbrando una serie de decretos (prohibición de la presencia de imágenes religiosas en centros escolares, supresión de honores militares al Santísimo, prohibición a las autoridades civiles y militares de presidir ceremonias religiosas y procesiones, supresión de la enseñanza religiosa obligatoria) coherentes con esta política, pero quizás precipitados, al herir la sensibilidad de los católicos españoles. Paralelamente a estas primeras medidas, se produjeron en mayo de 1931 los gravísimos episodios anticlericales de asalto, saqueo e incendio de templos y conventos por masas incontroladas, ante la pasividad de las autoridades.
Durante el bienio progresista presidido por Manuel Azaña (1931-1933), se pusieron las bases de este modelo laico constitucional («España ha dejado de ser católica»): secularización de la enseñanza, disolución de la Compañía de Jesús, ley de congregaciones, educación monopolio del Estado (las órdenes religiosas dedicadas a la enseñanza debieron interrumpir su actividad: en San Fernando, por ejemplo, los Hermanos de La Salle). Estas medidas deterioraron las relaciones con la Iglesia y provocaron la animadversión de los católicos hacia el gobierno republicano.
El bienio derechista, con gobiernos de los radicales de Lerroux apoyados por la C.E.D.A. de Gil Robles (noviembre 1933 a febrero 1936), frenó la marcha de las reformas, impulsando un retorno al conservadurismo social. Estas circunstancias favorables fueron aprovechadas, p. ej., por algunas hermandades y cofradías para efectuar de nuevo su estación de penitencia. El gobierno radical-cedista tuvo que hacer frente a la oposición de las izquierdas, que temían una involución política; tal oposición se manifestó en, p. ej., la Revolución de Asturias de 1934 o la proclamación unilateral de la República catalana.
Finalmente, en las elecciones de febrero de 1936 triunfó el pacto de las izquierdas denominado Frente Popular. Igualmente ocurrió en San Fernando, donde esta coalición gobernará sólo durante cinco meses. Se exacerbó la crispación de la vida política y la agitación social, manifestados en el grave deterioro del orden público que el Gobierno no pudo controlar: nueva quema de iglesias, enfrentamientos callejeros entre facciones, atentados, asesinatos de políticos… Desembocará en la cruenta guerra civil y en el triunfo de «la sinrazón de las armas sobre las armas de la razón».