Durante los reinados de Alfonso XII y Alfonso XIII, en esos casi sesenta años, las hermandades isleñas pasaron por tres fases:
- Primeros años de optimismo y recuperación tras las décadas oscuras y difíciles anteriores. Las hermandades tornaron a la normalidad procesional y se renovaron. A las cuatro anteriores se les sumaron dos nuevas muy pujantes (Vera Cruz, Señor de la Columna), componiendo así el sexteto de las hermandades antiguas, que pronto se redujo a quinteto por la decadencia de la del Santo Entierro.
La de Jesús Nazareno aprobó nuevas reglas ya en 1876 y prosiguió con su procesión compuesta de cinco pasos; el notabilísimo fervor popular que ya la rodeaba hizo considerar a las autoridades y a la junta de gobierno lo apropiado de la conversión de su estación de penitencia en casi una procesión oficial, con presidencia del alcalde y representaciones de las otras cofradías.
Se restableció la antigua hermandad de la Vera Cruz en su vieja capilla en 1891 por jefes y oficiales de la Armada, en un intento de atraer un barrio obrero a la Iglesia; probablemente tomó como modelo a la también recientemente renovada Vera Cruz de Cádiz y a la novedosa y sobria hermandad gaditana de la Buena Muerte; su fundación supuso un trasvase de hermanos desde la aristocrática y militar cofradía del Santo Entierro, perjudicándola.
La nueva Hermandad del Señor de la Columna se fundó en 1893 por personal de la maestranza del Arsenal, sin duda para captar y encuadrar en una cofradía a los obreros de la construcción naval y procurar contrarrestar el hervidero de conflictos sociales y movimientos anticlericales que era ese grupo social. Siguió en sus títulos (Columna y Lágrimas) el modelo gaditano. Se mostró muy briosa en sus inicios, llegó a sacar un segundo paso con la Virgen de las Lágrimas y un tercero con san Pedro en el pasaje evangélico de las negaciones.
A iniciativa del clero local, en 1900 se restauró la Hermandad de la Divina Pastora (pues también había interés en que hubiera una hermandad en el otro barrio obrero de la ciudad de entonces) y el mismo año se revitalizó la Orden Tercera de Dolores (servitas). La Hermandad de la Soledad se renovó en 1909, suprimiendo los tres pasos, quedando sólo el de la Virgen y añadiendo a sus títulos el del Descendimiento. Sus dificultades económicas, con todo, la obligaron a procesionar casi siempre bajo la forma de Misión (es decir, acompañada de señoras con cirios). Ese mismo año de 1909 se restauró la secular Esclavitud del Santísimo y Archicofradía de las Ánimas.
El exponente máximo de la unión entre la Iglesia y el Estado bajo la monarquía alfonsina fue la hermandad de la Virgen del Carmen, como lo sería ya en adelante durante las coyunturas políticas propicias, según diremos. Vivió una etapa de esplendor, con salidas procesionales regulares en el Corpus Christi y cada vez más estrecha unión con la Armada. Todo este proceso culminó en su proclamación oficial como patrona de la Marina de Guerra (1901) y luego de la ciudad de San Fernando (1920), siempre ésta a remolque de la Armada.
- La fase siguiente abarca las dos primeras décadas del siglo XX. Reflejó la crisis derivada de la pérdida en 1898 de las últimas colonias de Ultramar (Cuba y Filipinas), con graves efectos sobre la Armada y sobre la industria de construcción naval (motores de la economía isleña), hasta el punto de cernirse la amenaza de cierre sobre el Arsenal de La Carraca y originar cierta conflictividad social.
El trastorno afectó, evidentemente, a las hermandades más estrechamente vinculadas a estas fuentes de riqueza: la Vera Cruz, que había sido refundada por jefes de la Armada y cuya situación se complicó por el cierre temporal de la capilla a causa de su estado ruinoso; la recién fundada del Señor de la Columna, compuesta en su mayoría, como queda dicho, por operarios de la entonces precaria industria naval del Arsenal, que se vio abocada a dejar de salir hasta 1916; sobre todo, la antigua y aristocrática del Santo Entierro, que se extinguió de hecho, permaneciendo en ese estado durante cuarenta años, influyendo en su desaparición el trasvase de hermanos (jefes y oficiales de Marina) a la renovada de la Vera Cruz, y cuya extinción fue aprovechada por hermandades «oportunistas»: Soledad para poder usar el título del Descendimiento, Columna para procesionar con la centuria o escolta romana que sacaba la vieja hermandad junto al Señor Yacente, y el Nazareno para comenzar a usar como emblema el escudo de la Cruz de Jerusalén (o de las Cinco Llagas) que utilizaba la del Santo Entierro.
- La Semana Santa isleña conoció un renacer a partir de la segunda década del siglo XX. Este nuevo empuje estuvo propiciado e influído sin duda por la revitalización del sector naval (Ley de Escuadra, fundación de la Sociedad Española de Construcción Naval, inauguración de la Fábrica de San Carlos). Tuvo su culmen durante la dictadura de Primo de Rivera (1923-1930), cuyo gobierno trajo esperanzas de regeneración, paz social y militar, así como fomento de los valores religiosos tradicionales.
Las hermandades y cofradías adquirieron nuevo ímpetu durante los años veinte y acostumbraron a procesionar con regularidad y con un esplendor inusitado, como bien refleja la prensa local de la época. Los años finales de la década de los veinte fueron de verdadero esplendor para las cofradías, especialmente los años 1930 y 1931, a las puertas paradójicamente del radical cambio de régimen político. En todo caso, fue un auge fugaz, bruscamente truncado por el advenimiento de la Segunda República española.