Esta hermandad se fundó en mayo de 1939, recién terminada la guerra civil, por un grupo de jóvenes estudiantes a iniciativa del padre José María Franco Delgado, rector y capellán de la iglesia del Santo Cristo de la Vera Cruz. Fue la primera cofradía que se creaba en San Fernando después de un paréntesis de casi medio siglo. En dicho templo se veneraba una antigua y pequeña imagen de Jesús Nazareno bajo el título de Jesús de los Afligidos, que fue el primer titular de la hermandad y que procedía de la extinta capillita del Señor de la Humildad que estuvo situada en el barrio de Zaporito.
Su fundación puede considerarse, por un lado, un intento de introducir a la juventud en las corporaciones nazarenas, por entonces reservadas para los adultos de reconocida posición social; por otro, un ejemplo del gremialismo (en este caso, estudiantes) acogido a una advocación religiosa, lo que era fomentado por la legislación social de la posguerra. En sus primitivas reglas había un límite de edad para seguir perteneciendo a la junta de gobierno.
En 1942 efectuó su primera salida procesional, pero con la imagen de Jesús Nazareno de las Lágrimas que se veneraba en la iglesia de la Pastora (imagen que años después pasó a ser titular de la Hermandad de Jesús de la Misericordia). En 1943 salió por primera vez la imagen actual y un año más tarde las restantes que forman el conmovedor misterio, todas ellas obras de Antonio Castillo Lastrucci. En 1944 fueron aprobadas sus reglas y erigida canónicamente en la citada iglesia del Santo Cristo de la Vera Cruz.
Fue la primera cofradía isleña que procesionó el Lunes Santo. En sus primeros años, celebraba cultos internos en enero, en la festividad del Dulce Nombre de Jesús. En la década de los 40 promovió y sostuvo un concurso local de saetas, siendo la primera corporación isleña en organizar un evento de esta índole.
Renovada en la década de 1950, la hermandad fue desde entonces pionera e innovadora en numerosos aspectos, convirtiéndose en modelo a imitar para otras cofradías isleñas. En 1960 estrenó el primer paso dorado que tuvo la hermandad y el primero de esta modalidad visto en San Fernando, realizado en los talleres sevillanos de Pérez Calvo. A partir de 1974 organizó un concurso literario para jóvenes, original y único en su género, que acabaría siendo de ámbito nacional y adquiriendo reconocido prestigio en el mundo de las letras: el premio «Padre José María Franco». En 1977, casi cuarenta años después de su fundación en la vieja capilla, se trasladó al nuevo templo parroquial del Santo Cristo. En 1978 recibió el título de Sacramental. En 1979 los titulares fueron restaurados por Juan Abascal. En 1989 celebró con brillantez su cincuentenario fundacional, organizando actos culturales de relevante calidad.
En los últimos veinte años del siglo XX, la Hermandad alcanzó verdaderas cotas de esplendor a base de seriedad, ejemplaridad y una estación de penitencia que es modelo de sobriedad, devoción y estética cofrade, y en la que ha ido introduciendo novedades que han sido posteriormente adoptadas por otros cortejos isleños. A principios de la década de 1990 emprendió la realización de un nuevo y portentoso paso neobarroco para el misterio, una de las piezas artísticas más sobresalientes de la Semana Santa isleña, estrenado en 1993 y completado en talla, dorado e imaginería por fases en los años sucesivos.
En cabildo celebrado en noviembre de 2001 se aprobó añadir al misterio una imagen de san Juan Evangelista, para la Semana Santa de 2002, plasmándose así parte de la idea originaria que concibió la hermandad en sus años fundacionales.