Fue la segunda hermandad de penitencia fundada en la parroquia de la Divina Pastora. Ya en 1953 se intentó crear una hermandad patrocinada por los comerciantes isleños con la denominación de Señor del Gran Poder y Virgen de la Salud. Pero fue en 1954 cuando se formó una Junta pro Cultos integrada por comerciantes, a iniciativa de Guillermo Suárez Torrejón, que desembocaría en la fundación de la cofradía que nos ocupa. La corporación fue aprobada por el obispado en decreto fechado el 26 de diciembre de 1955 y bajo el título de Hermandad de Caridad y Cofradía de Nazarenos de Nuestro Padre Jesús del Ecce Homo y Nuestra Señora de la Salud.
Su finalidad era doble: dar culto al pasaje evangélico de la Presentación al Pueblo, de secular raigambre en la ciudad de Cádiz pero del que carecía la Semana Santa de San Fernando, y fomentar la caridad cristiana entre los hermanos y vecinos de la feligresía pastoreña con socorros pecuniarios y visitas domiciliarias. La adopción del título de Virgen de la Salud para la cotitular recuperó, quizás inconsciente pero acertadamente, una vieja advocación mariana de hondo aroma isleño. A causa de la profesión de sus fundadores, la Hermandad fue conocida desde sus inicios por el nombre vulgar de «la del comercio», sobrenombre que hoy día ha caído en desuso y tal vez ha perdido razón de ser.
En los primitivos estatutos se preveía efectuar la procesión el Miércoles Santo. Sin embargo, la primera salida procesional tuvo lugar el Martes Santo de 1958, integrado el paso del Ecce Homo en el cortejo de la Cofradía de la Oración en el Huerto. Pasó luego a efectuar la procesión el Lunes Santo, día en el que se ha mantenido hasta la actualidad. Los penitentes vestían y visten túnica y antifaz crema, capa y cíngulo rojo, como los de la cofradía del Ecce-Homo gaditano. En los años 70, fue la primera hermandad que quebró la uniformidad en los hábitos penitenciales, pues las secciones de penitentes de la Virgen estrenaron túnica y antifaz blancos y escapulario azul, colores muy marianos, conjunto inspirado en el de la Hermandad de los Negritos de Sevilla.
La primera imagen titular, obra del artista gaditano Láinez Capote (1957), fue reputada como de escaso mérito artístico, aunque digna, por la Comisión Diocesana de Arte Sacro; el mismo Láinez también talló las de Poncio Pilato y el soldado romano. Una segunda efigie de Pilato fue realizada en 1964 por José Andrés Antúnez. Más adelante, la Hermandad adquirió una talla anónima de dolorosa que fue advocada con el título de la Salud y que nunca llegó a procesionar, aunque sí se le rindieron diversos cultos. Las efigies del paso de misterio fueron sustituidas en 1968 por otras labradas en los talleres sevillanos de Castillo Lastrucci y que eran reproducciones, aunque de inferior calidad, del magnífico y teatral grupo escultórico de la Presentación al Pueblo que Lastrucci gubiara para la hermandad sevillana de San Benito. La segunda imagen del Cristo del Ecce Homo fue restaurada y retocada en 1984 por Alfonso Berraquero.
Este artista isleño fue el autor de la nueva imagen de la Virgen de la Salud (1974), primera imagen de una dolorosa salida de sus manos, que llamó poderosamente la atención por su belleza y su expresión contenida. Las primitivas imágenes titulares fueron donadas en 1976 a una hermandad del Ecce Homo de la localidad de Lanjarón (Granada).
En 1970, la Cofradía estrenó un nuevo paso neobarroco y dorado para el misterio, el tercero de estas características que procesionó en la Semana Santa isleña y que aportó a la procesión anual un empaque y una estampa muy peculiares.
La Virgen de la Salud salió en procesión por primera vez en 1978, estrenando palio cuatro años después. En 1984, la Hermandad tuvo la idea original de que la Virgen fuera acompañada en su paso por un angélico san Juan Evangelista, obra también de Berraquero. Fue el único paso de palio de San Fernando con esta singularidad durante casi un par de décadas.
En la última década del siglo XX, la Hermandad emprendió una renovación y engrandecimiento del paso de misterio incorporando al mismo cinco nuevas imágenes, obras todas ellas del citado Berraquero: Barrabás, Claudia Procula y un Sanedrita (las tres de 1993), un Esclavo etíope (1995) y finalmente un Soldado romano (2003) que sustituyó al de Castillo Lastrucci. Estas nuevas figuras dotaron de indiscutible expresividad y plasticidad al conjunto.
La Hermandad del Ecce Homo celebró en 2006 el cincuentenario de su fundación, culminándolo con la publicación de un libro sobre su medio siglo de historia.