Fundada en la Iglesia Mayor Parroquial en 1893 a iniciativa de Salvador Ruiz Moreno y Juan de Arcos García, secundados por un grupo de obreros de la maestranza del Arsenal de La Carraca. Su primera junta fundacional tuvo lugar en la Escuela de Cristo, capillita que existió en la calle Pérez Galdós a espaldas del templo parroquial. No hubo en sus orígenes vinculación alguna con la iglesia de la Divina Pastora como tradicional y erróneamente se ha venido diciendo; lo que sí hubo, pocos años después de su fundación, fue una tentativa de cambio de sede canónica a dicho templo.
Fue aprobada y erigida canónicamente ese mismo año de 1893 por el obispo D. Vicente Calvo Valero bajo el título de Santísimo Señor de la Columna y Nuestra Señora de las Lágrimas, asignándosele la primera capilla de la nave del Evangelio, antaño ocupada por san Pablo. En el repetido año se gestionó ante el escultor valenciano Vicente Tena la talla y adquisición de las imágenes del Señor y dos sayones (1893), san Pedro (1895) y la Virgen de las Lágrimas (1899).
La Hermandad conmemoraba en sus cultos internos de julio la festividad de la Preciosa Sangre de Nuestro Señor Jesucristo. Casi desde el principio de su andadura histórica se fijó la salida procesional en la tarde del Domingo de Ramos (aunque alguna vez la efectuó el Martes Santo) y vistiendo los penitentes hábitos morados y blancos. La hermandad sacaba un tercer paso con la imagen de san Pedro representando el pasaje evangélico de las Negaciones y Lágrimas del apóstol. El cortejo procesional solía seguir un largo itinerario que le llevaba al Patio de Cambiazo y a las calles del corazón del barrio de la Pastora.
Apenas transcurridos diez años de su fundación, se sumió en una grave crisis. No efectuó salida procesional durante los primeros tres lustros del siglo XX, reanudándola en 1916 tras ese largo paréntesis con el estreno de nuevos pasos y enseres. Los tres lustros siguientes fueron de consolidación y esplendor para esta joven hermandad, dirigida entusiastamente por los Sres. Díaz Carencio, Vigo, Marón y Oliva. Por esa época salía tras el paso del Señor una centuria de soldados romanos, cuyos enseres procedían al parecer de la Cofradía del Santo Entierro que estaba extinguida de hecho.
Tras las dificultades de la Segunda República y la guerra civil, conoció una época de recuperación durante la que se convirtió en la cofradía más innovadora de la ciudad. Fue la primera hermandad de penitencia isleña en abandonar el clásico templete sacando a la Virgen de las Lágrimas en un paso de palio (1939) y la primera también en estrenar un paso en estilo sevillano para el Señor (1941), que aún utiliza. Organizó durante varios años el precedente del pregón oficial de la Semana Santa isleña. Durante décadas fue la única cofradía isleña que salía el Domingo de Ramos, lo que contribuyó a aumentar su popularidad, a consolidarla y a hacer de su salida procesional algo casi inexcusable. No obstante, los años 60 supusieron graves dificultades económicas para la corporación, que no pudo efectuar su estación de penitencia en un par de ocasiones (1965 y 1967).
A partir de 1983 la Hermandad renovó sus estructuras, derogando los antiguos estatutos que databan de 1903, reformando los cultos, emprendiendo nuevas adquisiciones de enseres y buscando reforzar lazos con su barrio a través de la salida procesional anual. En 1993 conmemoró el centenario de su fundación y en 1999 el de la bendición de la Virgen de las Lágrimas.