Carlos III reinó casi 30 años (1759-1788). Fue un monarca reformista, el máximo exponente del despotismo ilustrado. Con él llegó a su apogeo la dinastía borbónica. Sus reformas contaron con el apoyo de eficientes ministros como Floridablanca, Campomanes, Aranda. Si el reinado de Felipe V había beneficiado fundamentalmente a Cádiz (traslado de la Casa de Contratación), el de Carlos III favoreció considerablemente a la Real Isla de León. Por ejemplo:
- En 1764 se terminó de construir la nueva Iglesia Mayor Parroquial, que fue abierta al culto por el obispo fray Tomás del Valle en enero 1764. Fue titulada de San Pedro (en memoria de la antigua ermita donde radicó la primitiva parroquia) y los Desagravios (como reparación por las décadas durante las que el Santísimo recibió culto en el inhóspito Castillo de los duques de Arcos); más adelante se le añadiría el título de San Pablo, por ser la pareja litúrgica del Príncipe de los Apóstoles.
La parroquia de la fortaleza se abandonó totalmente después de casi un siglo de servicios y su recinto se secularizó. Pocos años después se establecerían allí las fuerzas de Infantería y Artillería de Marina. Esto supuso el traslado a la nueva parroquia de todas las hermandades y cofradías que hemos visto radicaban en la iglesia del castillo, así como de las establecidas en otras sedes pero que querían situarse ahora en el flamante templo parroquial.
- Dos años después, una Real Cédula de enero 1766 hacía municipio independiente a la Isla, naciendo la Villa de la Real Isla de León, a pesar de la furibunda oposición del gobierno local gaditano.
- Tres años más tarde se produjo el establecimiento en la Real Isla de León del Departamento Marítimo y sus principales instalaciones (Capitanía General, Academia y Cuartel de Guardias Marinas, Parroquia Castrense, Observatorio Astronómico), cristalizando y culminando así el proceso iniciado en los reinados anteriores. Ello fue acompañado de un magno plan edificativo de población militar que, tras varios proyectos grandiosos, se materializó en lo que hoy todavía llamamos Población de San Carlos, en honor de aquel monarca. La presencia en la Isla de León de la Armada y de la inseparable industria de construcción naval será esencial desde entonces en la historia de la localidad y repercutirá considerable y determinantemente en los aspectos demográficos, urbanos, políticos, económicos, sociales y, por supuesto, religiosos de la localidad.
Esta época prometedora para la Isla de León se prolongaría todavía durante la primera década del reinado de Carlos IV (1788-1808).